氫氟酸對衣物、皮膚、眼睛、呼吸道、消化道粘膜均有刺激，腐蝕作用，氟離子進入血液或組織可與其鈣鎂離子結合，使其成為不溶或微溶的氟化鈣和氟化鎂，量大的話直接堵塞血管，直接或間接影響中樞神經系統和心血管系統的功能，導致低血鈣，低血鎂綜合癥，氟離子還可以和血紅蛋白結合形成氟血紅素，抑制琥珀酸脫氫酶，致氧合作用下降，影響細胞呼吸功能。此外，氫氟酸可致接觸部位明顯灼傷，使組織蛋白脫水和溶解，可迅速穿透角質層，滲入深部組織，溶解細胞膜，引起組織液化，重者可深達骨膜和骨質，使骨骼成為氟化鈣，形成愈合緩慢的潰瘍。吸入高濃度蒸汽或者經皮吸收可引起化性肺炎肺水腫。